Le petit chromosome Y a enfin été entièrement séquencé. Il proviendrait d’un chromosome X où, il y a 170 millions d’années, une duplication d’un gène aurait entraîné l’apparition du gène SRY (déterminant les caractères mâles chez la plupart des mammifères). Ce premier chromosome Y aurait alors commencé à se différencier du X, jusqu’à ce que ces deux chromosomes ne puissent plus s’échanger de portions de chromatides suite aux enjambements. Cette absence de crossing-over pour le chromosome Y a accéléré son évolution, avec notamment une perte rapide de gènes. Il en résulte une grande diversité intraspécifique des Y.
Certains scientifiques prédisent ainsi la disparition prochaine du chromosome Y. Ceci a déjà eu lieu chez quelques espèces de rongeurs, dont les mâles sont XX (ou X) et ne possèdent pas de gène SRY. Mais d’autres scientifiques pensent au contraire que la présence de gènes en plusieurs exemplaires pourrait assurer la préservation du chromosome Y.