Chaque humain posséderait environ 160 espèces de bactéries dans son intestin, parmi le millier possible. Un déséquilibre du microbiote intestinal peut favoriser le développement de nombreuses pathologies : maladie de Crohn, dérégulation de la réponse immunitaire (maladies auto-immunes comme la sclérose en plaques), cancers, diabète, maladies cardiovasculaires, troubles hépatiques, altération du fonctionnement cérébral.
L’alimentation peut modifier le microbiote intestinal ; par ailleurs, il est également possible de le rétablir via des transferts de microbiote fécal (« greffe fécale »).