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Escherichia coli un hôte commun du microbiote intestinal (anciennement appelé microflore commensale intestinale) de l’Homme et des animaux homéothermes. Son établissement dans le tractus digestif s’effectue durant les premières heures ou journées qui suivent l’accouchement. E. coli constitue alors tout au long de la vie de l’hôte l’espèce bactérienne dominante de la flore aérobie facultative intestinale.

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